Beslutsfattandet i kyrkan sker på många olika nivåer. Församlingarna är självständiga enheter som själva beslutar det mesta om sin verksamhet, ekonomi och administration.
Kyrkans högsta beslutande organ är kyrkomötet. De 109 kyrkomötesombuden samlas två veckor i året. Beslut som rör hela kyrkan fattas också av kyrkostyrelsen, biskopsmötet och Kyrkans arbetsmarknadsverk.
I församlingsvalet i november 2022 valde församlingsmedlemmarna församlingarnas beslutsfattare för fyraårsperioden 2023–2026. Nästa församlingsval hålls 2026.