Den finländska lutherska kyrkans organisation och administration grundar sig på en tradition som sträcker sig ända till kristendomens början.
På medeltiden var den katolska kyrkan en viktig samhällelig och politisk påverkare. Ända sedan medeltiden har kyrkan haft beskattningsrätt, rätt att äga jord och haft lagstadgade rättigheter och skyldigheter som ett offentligt-rättsligt samfund.
De förändringar som reformationen förde med sig var att kontakterna till kristenhetens mest betydande biskopssäte i Rom bröts samt att kungen i Sverige stärkte sin ställning och fick ett växande inflytande över de kyrkliga tjänsteutnämningarna. Kungen började till exempel välja de biskopar som föll honom i smaken till kyrkans ledning. En annan följd av brytningstiden var att kronan i stor utsträckning lade beslag på kyrkans jordegendomar. Kyrkans inkomster minskade radikalt eftersom kyrkans skatteintäkter i omfattande utsträckning överfördes till staten.
Efter reformationen måste alla undersåtar i Sverige höra till den lutherska kyrkan. Enligt en kyrkolag som stiftades år 1686 var Svenska kyrkan en statskyrka som lydde under den envåldshärskande kungen. Under det följande århundradet var det snarare stånden än kungen som innehade den verkliga makten.
Då Finland införlivades med Ryssland ändrade inte kyrkans relation till staten. Den lutherska religionen och kyrkans ställning garanterades vid lantdagen i Borgå 1809. Gränserna mellan kyrkan och staten blev klarare i kyrkolagen från år 1869. Kyrkan fick autonomi och en egen kyrkolag, som ska stiftas enligt grundlagsordning. Kyrkomötet hade en aktiv roll i detta.
I kyrkolagen ingick enbart bestämmelser som rörde själva kyrkan. Kyrkan fick behålla sin egendom och sin beskattningsrätt. Den garanterades också rätt att verka i institutioner som upprätthölls av samhället (skolor, armén, sjukhus, fängelser). Staten garanterade också kyrklig vigsel till äktenskap och firandet av helgdagar. Den tidigare sockenförvaltningen ersattes av kommuner och församlingar.
Det självständiga Finland bekände sig som religiöst neutral. Den lutherska och den ortodoxa kyrkan bevarade sin offentligt-rättsliga specialställning. Kyrkornas självständighet i relation till staten har kontinuerligt ökat. Statskyrkoideologin har alltid varit svagare i Finland än i Sverige och dess betydelse har minskat kontinuerligt. År 1922 stiftades en religionsfrihetslag.
Kyrkan inrättade en egen centralförvaltning år 1943. De administrativa banden mellan kyrkan och staten blev svagare än tidigare då kyrkolagen reformerades år 1994. År 1997 överfördes domkapitelinstitutionen helt och hållet till att bekostas av kyrkan och biskoparna blev formellt kyrkliga tjänsteinnehavare. Också presidentens rätt att utnämna biskopar överfördes till kyrkan år 2000. Kyrkan väljer och utnämner sina biskopar och de är inte längre statliga tjänstemän. Undantag är fältbiskopen som staten väljer och bekostar.
De viktigaste frågorna i relationen mellan kyrka och stat är den speciella lagstiftningsordningen för kyrkolagen, och statens rätt att reglera kyrkoskatten och annan ekonomisk lagstiftning som rör kyrkan, skolornas religionsundervisning samt församlingarnas deltagande i skötseln av vissa folkbokföringsuppgifter.
Staten handhar fortsättningsvis själavården för fångar och soldater. Kyrkan ersätter skattemyndigheterna för de kostnader som uppbäringen av kyrkoskatten orsakar.
Att det finländska samhället bygger på den kristna traditionen syns till exempel i att de kyrkliga helgdagarna är samhälleliga fridagar. En gammal tradition är också böndagarna. De statliga gudstjänsterna, såsom självständighetsdagens och riksdagens gudstjänster, är numera ekumeniska.
Kyrkan deltar i skötseln av de samhälleliga uppgifterna. Kyrkan bidrar bland annat med fostran och undervisning, diakoni, drogförebyggande arbete och folkbokföring. Kyrkan upprätthåller begravningsplatser och kulturhistoriskt värdefulla byggnader samt arbetar bland utlandsfinländare och ger internationellt bistånd.
Kyrkan och staten samarbetar på många sätt med kommunerna och organisationerna inom tredje sektorn.