Exkommunikation betyder uteslutning ur de kristnas gemenskap, det vill säga ur kyrkan. Exkommunikation är den allra strängaste formen av kyrklig bestraffning.
Under urkyrkans tid hände det sig att en kristen uteslöts ur kyrkans gemenskap och därmed även ur nattvards- och den övriga sakramentsgemenskapen. Om en person till exempel hade dödat en människa i krig räckte hennes exkommunikation i tre år. Också irrläriga uteslöts om de inte tog avstånd från den orätta läran. Under förföljelsens tid kunde de som avföll uteslutas, men efter att offentligt ha uttryckt sin ånger togs de tillbaka i kyrkans gemenskap.
Evangelisk-lutherska kyrkan i Finland tillämpar inte exkommunikation bland sina medlemmar. Däremot har präster avsatts från prästämbetet på grund av allvarliga läromässiga avvikelser eller andra oegentligheter.