Bön-, ånger- och fastedagar har firats av den kristna kyrkan genom hela dess historia. Från medeltiden framåt hände det också att de världsliga regeringarna bestämde om speciella böndagar till exempel på grund av nödår, naturkatastrofer eller liknande.
Böndagspraxisen i den form den finns i dag anses ha uppstått i Sverige-Finland på 1600-talet, även om dagarnas antal har varierat. I slutet av 1600-talet etablerade sig böndagarnas antal till fyra. En av dem började småningom firas som tacksägelsedag.
På böndagarna rådde i början ett allmänt nöjesförbud som också gällde lördag kväll före böndagen. År 1968 ändrades lagen så att nöjesförbudet gällde bara den egentliga böndagen. År 1984 ändrades lagen om offentliga nöjestillställningar och förbudet slopades helt. Sedan 2004 har kyrkorna själva kunnat utse och besluta om de nationella böndagarna. År 2008 övergick man från fyra böndagar till två.
Numera är böndagarna ekumeniska till sin natur, det vill säga gemensamma för kyrkorna. Ekumeniska rådet i Finland svarar för beredningen av och materialet för böndagarna.
Första böndagen infaller 18 januari och heter Böndagen för kristen enhet. Den anknyter till böneveckan för kristen enhet som uppmärksammas 18–25.1. Böndagen kallar representanter för olika kristna traditioner och kyrkor till gemensam bön och till att verka för enheten.
Andra böndagen infaller 24 oktober och heter Böndagen för fred, mänskliga rättigheter och internationellt ansvar.