Mysteeri (kreik. mysterion, lat. mysterium) tarkoittaa salaisuutta sekä salaperäistä tai arvoituksellista asiaa, tapahtumaa tai toimitusta. Kristinuskossa on käytetty muun muassa ehtoollisesta nimitystä mysteeri (ehtoollisen mysteeri), koska emme voi ymmärtää ehtoollista loppuun asti, mutta voimme ottaa sen uskossa vastaan. Sanalla voidaan tarkoittaa myös keskiaikaista hengellistä näytelmää.
Ehtoollisen salaisuudesta Katekismuksessa