Kirkon päätöksenteko jakautuu monelle eri tasolle. Seurakunnilla on laaja toiminnallinen, taloudellinen ja hallinnollinen itsenäisyys sekä vaaleilla valitut päätöksentekijät.Kirkon ylin päättävä elin on kaksi kertaa vuodessa kokoontuva kirkolliskokous. Sen lisäksi keskushallintoon kuuluu kirkkohallitus, piispainkokous ja kirkon työmarkkinalaitos.Seurakuntavaaleissa äänestetään kirkon ja sen seurakuntien tulevaisuudesta valitsemalla luottamushenkilöt nelivuotiskaudelle. Seuraavat seurakuntavaalit ovat vuonna 2026.