Ekskommunikaatiolla tarkoitetaan kristittyjen kommuuniosta eli kirkon yhteydestä erottamista. Ekskommunikaatio on kaikkein voimakkain kirkkorangaistus. Alkukirkon aikana kristitty saatettiin erottaa kirkon yhteydestä ja täten myös ehtoollis- ja muusta sakramenttiyhteydestä.
Jos henkilö oli esimerkiksi tappanut ihmisen sodassa, hänen ekskommunikaationsa kesti kolme vuotta. Myös harhaoppiset ekskommunikoitiin, elleivät he luopuneet väärästä opista. Vainojen aikana langenneet kristityt saatettiin ekskommunikoida, mutta julkisen katumuksen jälkeen heidät otettiin takaisin kirkon yhteyteen.
Suomen evankelis-luterilainen kirkko ei ekskommunikoi jäseniään mistään syystä, mutta pappeja on vakavien opillisten tai muiden virkavelvollisuusrikkomusten takia erotettu pappisvirasta.