Seurakunnan kirkkoherra valitaan yleisellä papinvaalilla. Papinvaali on välitön ja salainen. Virkaan valitaan se tuomiokapitulin ehdolle asettamista papeista, joka saa vaalissa eniten ääniä.
Seurakunta voi kuitenkin valita kirkkoherran virkaan myös muun hakijan, jonka tuomiokapituli on todennut päteväksi ylimääräiseksi hakijaksi. Tästä menettelystä on säännökset kirkon vaalijärjestyksessä. Tullakseen valituksi ylimääräisen vaaliehdokkaan on saatava vähintään yksi kymmenesosa koko seurakunnan äänistä ja enemmän kuin puolet annetuista äänistä.
Kirkkoherran vaalitapaa on kritisoitu, sillä ylimääräisen ehdokkaan on vaikeaa tulla valituksi erityisesti suurten kaupunkien seurakunnissa, joissa äänestysprosenttikin voi jäädä alhaisemmaksi kuin 10 %.
Kappalaisen vaali toimitetaan kirkkovaltuustossa tai seurakuntaneuvostossa tuomiokapitulin lausunnon pohjalta.