Kirkkohallitus on kirkon yleisviranomainen, joka hoitaa kirkon yhteistä hallintoa, taloutta ja toimintaa. Kirkkohallituksen täysistunnon jäseniä ovat arkkipiispa puheenjohtajana, piispainkokouksen valitsemat kaksi piispaa sekä kirkolliskokouksen valitsemat kaksi pappia ja yhdeksän maallikkoa, yksi jokaisesta hiippakunnasta.
Osa kirkkohallituksen päätöksistä tehdään virastokollegiossa, johon kuuluvat kansliapäällikkö ja kirkkoneuvoksen viroissa olevat viisi viranhaltijaa. Päätösvaltaa on ohjesäännöllä siirretty myös muutamille johtaville viranhaltijoille.
Organisatorisesti Kirkkohallitus koostuu kansliapäällikön toimistosta ja hallinto-osastosta, työmarkkinaosastosta, talousosastosta, toiminnallisesta osastosta, ulkoasiain osastosta sekä erillisyksiköistä. Kunkin osaston johtajana toimii kirkkoneuvos.
Kansliapäällikkö johtaa Kirkkohallituksen viraston toimintaa ja henkilöstöhallintoa. Hän vastaa Kirkkohallituksen yhteyksistä viranomaisiin ja muuhun yhteiskuntaan. Kansliapäällikön toimistossa hoidetaan myös muutamia Kirkkohallituksen erityistehtäviä, kuten EU-toiminta ja yhteiskunnan vaikuttajille suunnatun Arvojen Akatemian järjestäminen.
Hallinto-osasto käsittelee asiat, jotka koskevat säädösvalmistelua, kirkon yhteistä hallintoa, seurakuntien hallintoa ja taloutta, kirkon kulttuuriperintöä, kirkollisverotusta, kirkonkirjojenpitoa ja kirkollisia vaaleja.
Työmarkkinaosasto huolehtii kirkon palveluksessa olevien palvelussuhdetta koskevasta säädösvalmistelusta ja mallisääntöjen laatimisesta, kirkon henkilöstöpolitiikasta, kirkon työnantajaviestinnästä ja kirkon henkilöstön osaamisen kehittämisestä henkilöstöpolitiikan alalla ja muilta osin yhteistyössä toiminnallisen osaston kanssa. Lisäksi työmarkkinaosasto hoitaa kirkon työmarkkinalaitokselle kuuluvat tehtävät.
Talousosaston/Kirkon keskusrahaston (kiinteistö-, talous- ja tietohallinto) tehtävänä on vastata Kirkon keskusrahaston toiminnan rahoituksesta ja omaisuuden hoidosta. Osasto vastaa Kirkon keskusrahaston ja eläkerahaston taloushallinnosta sekä Kirkon talon sisäisistä tukipalveluista. Se myös toteuttaa kirkon tietohallintostrategiaa.
Toiminnallisen osaston tehtävänä on hoitaa kirkon yhteistä toimintaa koordinoimalla ja kehittämällä kirkon työtä yhteistyössä seurakuntien, hiippakuntien ja kirkollisten järjestöjen kanssa, huolehtimalla kirkon toimintaan liittyvistä yhteyksistä ja vaikuttamalla päätöksentekoon yhteiskunnassa sekä edistämällä kirkon toiminnan verkostoitumista ja yhteistyötä.
Ulkoasiain osasto hoitaa kirkon ekumeenisia ja kansainvälisiä suhteita ja niihin liittyviä teologisia asioita. Osasto vastaa ulkomailla asuvien suomalaisten parissa tehtävän kirkollisen työn suunnittelusta ja toteutuksesta yhteistyössä paikallisten sisarkirkkojen kanssa. Osasto koordinoi kirkon lähetysjärjestöjen ja Kirkon Ulkomaanavun yhteistä toimintaa. Se huolehtii kirkon lähetystyön yhteisestä linjauksesta ja kasvatus-, koulutus- ja tiedotustoiminnasta. Lisäksi osasto hoitaa kirkon suhteita muihin uskontoihin.
Suoraan kansliapäällikön alaisia erillisyksikköjä ovat Kirkon viestintä, Kirkon tutkimus ja koulutus, Kirkon ruotsinkielisen työn yksikkö ja Kirkon palvelukeskus sekä hallinnollisesti piispainkokouksen kanslia ja arkkipiispan kanslia. Kirkkohallituksen täysistunto asettaa toimikaudekseen useita neuvottelukuntia, jotka asiantuntijaeliminä tukevat ja edistävät kirkkohallituksen tehtävien toteuttamista.
Hallinto ja päättäjät – Kirkkohallitus Evl Plus: Kirkkohallitus+