Seurakunnilla on laaja toiminallinen ja taloudellinen itsenäisyys.Seurakunnan ylin päättävä elin on kirkkovaltuusto, jonka seurakuntalaiset valitsevat seurakuntavaaleissa neljän vuoden välein. Seuraavat vaalit ovat vuonna 2026. Kirkkovaltuusto johtaa seurakunnan toimintaa.Kirkkovaltuusto valitsee kirkkoneuvoston, joka vastaa käytännön johtamisesta ja valmistelee asiat kirkkovaltuuston päätettäväksi.
Seurakuntayhtymä muodostuu useista seurakunnista. Yhtymiä on yleensä suurissa kaupungeissa. Yhtymän voivat muodostaa myös kahden tai useamman kunnan alueella olevat seurakunnat.Seurakuntayhtymässä tärkeimmät päätökset tekee yhteinen kirkkovaltuusto. Valtuustossa on vaaleilla valittuja luottamushenkilöitä kaikista yhtymän seurakunnista. Yhteinen kirkkovaltuusto päättää yhtymän talousarviosta, kirkollisveron suuruudesta, rakennushankkeista ja suurimmista avustuksista. Kirkkovaltuusto jakaa seurakuntatyöhön käytettävät varat seurakuntien kesken.Yhteinen kirkkoneuvosto johtaa seurakuntayhtymän toimintaa, hallintoa ja taloutta. Se valmistelee yhteisen kirkkovaltuuston kokoukset ja panee toimeen sen päätökset.Jokaisessa yhtymän seurakunnassa on vaaleilla valittu seurakuntaneuvosto. Se johtaa seurakunnan toimintaa, edistää sen hengellistä elämää sekä päättää seurakunnalle myönnettyjen varojen käytöstä.