Sukututkimuksen tärkeimpiä tietolähteitä ovat seurakuntien käsinkirjoitetut kirkonkirjat. Niitä voi tutkia maakunta-arkistoissa ja kirkkoherranvirastoissa.
Noin kaksi kolmasosaa seurakunnista on antanut yli sata vuotta vanhat kirkonkirjansa oman alueensa maakunta-arkiston säilytettäväksi. Joissakin seurakunnissa sukututkijan on mahdollista tutkia yli satavuotiaiden kirkonkirjojen mikrofilmikortteja kirkkoherranvirastossa.Pääosin yli sadan vuoden ikäiset kirkonkirjat on mikrofilmattu rullafilmeille, mutta myös osin mikrofilmikorteille, ja ne ovat käytettävissä arkistolaitoksen yksiköissä. Arkistolaitos on aloittanut myös mikrofilmattujen aineistojen digitoinnin arkistointilaitoksen digitaaliarkistoon.
Sukututkimusmahdollisuutta paikan päällä kannattaa tiedustella puhelimitse tai sähköpostitse hyvissä ajoin ennen kirkkoherranvirastoon tai maakunta-arkistoon menoa. Luovutetun Karjalan alueen kirkonarkistoasiakirjat ovat osa Mikkelin maakunta-arkistoa.Sukututkija voi lähettää myös sukututkimuspyynnön kirkkoherranvirastoon, seurakunnan keskusrekisteriin tai Digi- ja väestötietovirastoon. Sukututkimusta varten laaditut todistukset ovat maksullisia.EU:n yleisen tietosuoja-asetuksen mukaan rekisterinpitäjän on pystyttävä osoittamaan, että se noudattaa tietosuoja-asetuksen periaatteita ja säännöksiä. Tästä syystä on mahdollista pyytää sukututkijaa toimittamaan sukututkimusrekisteriä koskeva tietosuojaselvitys tai muu vastaava asiakirja, joka osaltaan osoittaa tietosuoja-asetuksen vaatimusten mukaisen toiminnan ja siten samalla tietojen luovuttamisen edellytysten olemassaolon.Vanhimmat kirkonarkistojen asiakirjat on kirjoitettu pääosin ruotsiksi ja 1800-luvun loppupuolelta lähtien pääosin suomeksi. Aina vuoteen 1962 saakka jäsentiedot tallennettiin sidottuihin kirjoihin. Vuodesta 1968 perustettiin Väestörekisterikeskus väestökirjanpitoa varten, jolloin vastuu väestökirjanpidosta siirtyi valtiolle.
Suomen Sukututkimusseuran ylläpitämässä HisKi-tietokannassa on historiakirjatietoja yli 300 seurakunnasta noin vuoteen 1850 asti. HisKi on kuitenkin vain hakemisto, joten tiedot kannattaa tarkistaa historia- ja rippikirjoista.Digitoituja kirkonkirjoja voi selailla kahdella eri sivustolla.Kansallisarkiston kaikki digitaaliset tietoaineistot Aarre-aineistoa lukuun ottamatta ovat haettavissa ja käytettävissä asiointipalvelu Astian kautta. Asiointipalvelussa voi selata digitaalisia aineistoja, tilata asiakirjoja tutkijasaleihin tai tehdä yksittäisiin asiakirjoihin kohdistuvia tietopyyntöjä verkkolomakkeen avulla.Toista sivustoa ylläpitää Suomen Sukuhistoriallinen Yhdistys. Sivustolla on kaksi merkittävää etua: ensinnäkin kirkonkirjoja voi olla myös vuosilta 1880−1910 (tosin vain yhdistyksen jäsenille) ja toiseksi sivusto on yleensä erinomaisesti indeksoitu ja haluamansa tiedon löytää vaivatta.