Fundamentalismi on protestanttisissa kirkoissa ja lahkoissa esiintyvä ajattelutapa, joka haluaa turvata eräät kristinuskon perusasioiksi käsittämänsä lähtökohdat (eli fundamentit) tieteellisen teologian, erityisesti eksegetiikan, ja eräiden luonnontieteiden tutkimustuloksia vastaan.
Fundamentalismi pyrkii luomaan tieteelliseen päättelyyn nojaaville tutkimustuloksille korvaavia vaihtoehtoja rationaaliseen päättelyn avulla. Esimerkiksi fundamentalistisessa kreationismissa pyritään etsimään tieteellisiä todisteita sille uskomukselle, että lajit eivät ole kehittyneet vaan että jokainen laji on luotu erikseen ja kaikki lajit samalla kertaa.
Koska tutkimuksen lopputulos on ennalta määrätty, sen rationaaliset ja uutta tietoa tuottavat mahdollisuudet ovat jo lähtökohdissaan rajoitetut vain valitun näkemyksen tukemiseen. Tiedeyhteisö ei voi hyväksyä tämänkaltaisen päättelyn pätevyyttä eikä johtopäätöksiä. Tieteellisessä tutkimuksessa totuus on avoin, kunnes se on pätevästi todistettu.
Fundamentalismilla on taipumus määritellä vihollisensa , joita voivat olla esimerkiksi moderni kehitys, sekularismi tai lännen ylivalta. Fundamentalismi on moniselitteinen reaktio yhteiskunnallisiin ja kulttuurisiin muutoksiin, jossa pyritään säilyttämään oma identiteetti muutospaineiden keskellä.
Fundamentalistista yhteisöä pitää usein koossa karismaattinen johtaja. Fundamentalismiin kuuluu vahva ryhmäsidonnaisuus, mikä antaa jäsenille voimakkaan yhteenkuuluvuuden tunteen.
Fundamentalismiksi on alettu kutsua myös ylipäätään vanhoillista tai aggressiivista uskonnollisuutta, joka pyrkii poliittiseen valtaan tai jolla on muuten poliittisia tavoitteita. Fundamentalismista puhutaan myös islamin yhteydessä.
Suomessa ei ole juuri esiintynyt poliittiseen valtaan pyrkivää fundamentalismia. Sen sijaan jotkut fundamentalistiset ryhmät vastustavat tieteellistä tutkimusta.