Krypta (lat. crypta) on kirkon kellari, eli kirkon lattian alle rakennettu kammion tai holvin tapainen tila. Kryptaa on voitu käyttää arvoesineiden tai pyhäinjäännösten säilytyspaikkana tai hautana.
Nykyään esimerkiksi Helsingin tuomiokirkon kryptassa järjestetään erilaisia tilaisuuksia, kuten musiikkiesityksiä, näyttelyitä, kirkkokahveja ja kahvilatoimintaa.