Kirkon työmarkkinalaitoksen päättävä elin on sen valtuuskunta. Sen päätöksentekijöinä toimivat 11 kirkkohallituksen täysistunnon valitsemaa jäsentä, joilla kullakin on henkilökohtainen varajäsen. Valinnan suorittavat ne täysistunnon jäsenet, jotka eivät ole kirkon tai seurakunnan virka- tai työsuhteessa.
Lisäksi valtuuskunnassa on läsnäolo- ja puheoikeus täysistunnon keskuudestaan valitsemalla edustajalla ja piispainkokouksen määräämällä piispalla.
Valtuuskunnan toimikausi on neljä vuotta. Valtuuskunnan jäsenet valitaan siten siten, että palvelussuhteen ehtojen tuntemus sekä erityyppisten seurakuntien ja maan eri osien edustus tulee huomioon otetuksi.
Kirkkohallituksen määräämällä henkilöllä sekä piispainkokouksen määräämällä piispalla on oikeus olla läsnä ja ottaa osaa keskusteluun mutta ei päätöksentekoon työmarkkinalaitoksen valtuuskunnan kokouksissa.
Valtuuskunnan puheenjohtaja on Tapio Tähtinen. Varapuheenjohtajina toimivat Christina Söderlund ja Hannu Kallunki.
Kirkon työmarkkinalaitoksen valtuuskunnan työjärjestys