Kyrkans arbetsmarknadsverks beslutande organ är delegationen. Som beslutsfattare i delegationen verkar 11 medlemmar som utsetts av Kyrkostyrelsens plenum. Var och en av medlemmarna har en personlig ersättare. Valet förrättas av de medlemmar i Kyrkostyrelsens plenum som inte står i tjänste- eller arbetsavtalsförhållande till kyrkan eller till någon församling.
Närvaro- och yttranderätt i delegationen har dessutom en representant som plenum väljer inom sig, liksom även en av biskopsmötet utsedd biskop.
Delegationens mandatperiod är fyra år. När delegationsmedlemmarna utses beaktas deras kunskap om anställningsvillkor och en jämn fördelning av representanter från olika slags församlingar och olika delar av landet.
En person som Kyrkostyrelsen utsett och en biskop som biskopsmötet valt ut har rätt att vara närvarande och delta i diskussionen men inte i beslutsfattandet på arbetsmarknadsverkets delegations möten.
Delegationens ordförande är Tapio Tähtinen. Vice ordförande är Christina Söderlund och Hannu Kallunki.
Arbetsordning för delegationen för Kyrkans arbetsmarknadsverk
