Kirkon eläkerahaston toiminnan voidaan katsoa alkaneen vuonna 1991, kun kirkon eläkejärjestelmässä siirryttiin osittain rahastoivaan eläkemaksujärjestelmään. Varat, joita ei käytetty eläkkeiden maksamiseen, rahastoitiin eläkerahastoon tulevien eläkevastuiden kattamiseksi.
Vuonna 1999 Kirkon keskusrahaston eläkerahastosta muodostettiin omakatteinen rahasto. Kirkon eläkerahasto toimi Kirkon keskusrahaston yhteydessä, mutta eläkerahaston varoja sijoitettiin erillään Kirkon keskusrahaston muusta omaisuudesta ja rahaston tuotot kohdistuivat suoraan eläkerahaston tuotoiksi.
Kirkon eläkelain mukaisen eläketurvan täytäntöönpano siirtyi Kevaan 1.1.2012. Keva huolehtii kunta-alan, valtion, kirkon ja Kelan henkilöstön työeläkepalveluista.
Kirkon eläkerahasto (KER) eriytyi keskusrahastosta itsenäiseksi julkisoikeudelliseksi oikeushenkilöksi 1.1.2016, jolloin tuli voimaan eläkerahastoa koskeva kirkkolain 22 luvun 6 §. Tämän pykälän voimaantulosäännöksen mukaan Kirkon eläkerahasto jatkoi kirkon keskusrahaston eläkerahaston toimintaa ja kirkon keskusrahaston eläkerahaston varat, oikeudet ja velvoitteet siirtyivät 1.1.2016 Kirkon eläkerahastolle.
Laki Suomen evankelis-luterilaisen kirkon eläkerahastosta tuli voimaan 1.7.2023. Lakiin on yhdistetty kirkkolaissa, kirkkojärjestyksessä ja evankelis-luterilaisen kirkon eläketurvan rahoituksesta annetussa laissa olevat kirkon eläkerahastoa koskevat säännökset. Laki selventää säätelyä kirkon eläkerahaston osalta ja on linjassa muiden julkisten eläketoimijoiden säätelyn kanssa.
