Eläkerahasto vastaa kirkon henkilöstön eläkkeiden rahoituksesta ja eläkevarojen sijoittamisesta. Eläkkeet rahoitetaan työnantajilta ja työntekijöiltä perittävillä maksuilla.
Kirkon eläkerahaston historia alkoi vuonna 1991. Toiminnan alussa varat, joita ei käytetty eläkkeiden maksamiseen, rahastoitiin eläkerahastoon tulevien eläkevastuiden kattamiseksi. KER on viime vuosien aikana siirtynyt tästä karttumisvaiheesta siirtymävaiheeseen, jossa eläkemenojen määrä ylittää pysyvästi eläkemaksutulojen määrän. Tämä tarkoittaa sitä, että rahaston sijoitustuottoja käytetään myös eläkkeiden maksamiseen.
Eläkerahastoa ei ole kiinnitetty yksilökohtaisiin eläkevastuisiin, vaan se toimii niin kutsuttuna puskurirahastona eli rahastolle ei synny yksilöllisesti katettavia eläkevastuita kuten TyEL-eläkejärjestelmässä. Eläkerahastolla ei myöskään ole vakavaraisuutta koskevia määräyksiä.
