Lutherska världsförbundets generalförsamling har bett mennoniterna om ursäkt för den historiska period då de så kallade anabaptisterna, om- eller vederdöparna förföljdes och avrättades. Förföljelsen startade på 1500-talet.
Som en avslutning på de lärosamtal som förts och som gest på en ömsesidig förlåtelse firade lutheraner och mennoniter en gemensam försoningsgudstjänst. För lutheranerna har det svåraste varit att reformationens fäder Martin Luther och Philipp Melanchton gav sitt teologiska stöd för förföljelserna. De uppfattade den baptistiska rörelsen som en irrlära.
Under reformationen tog man i bruk en tusen år gammal romersk lag enligt vilken omdop var förbjudet. Ungefär 2000-2500 personer miste livet i förföljelsen som fortsatte några hundra år. I samband med förföljelsen flyttade mennoniterna till USA, Kanada, södra Ryssland och Nederländerna där de levde i olika mennonitsamhällen. Till de äldsta grupperna hör amish i Pennsylvania, USA. Det finns 62 000 mennoniter i Europa och sammanlagt 1,5 miljoner i hela världen.